gromacs-skills
GROMACS 分子动力学模拟软件命令参考。当 Agent 需要执行 GROMACS 命令但不清楚用法时调用。功能覆盖：(1) 拓扑与结构处理 - pdb2gmx、editconf、solvate、insert-molecules、genrestr；(2) 模拟设置与运行 - grompp、mdrun；(3) 轨迹处理 - trjconv（PBC修正、格式转换）、trjcat（轨迹拼接）；(4) 能量分析 - energy、eneconv、bar；(5) 轨迹分析 - rms、rmsf、gyrate、hbond、distance、angle、dihedral、sasa、cluster、mindist；(6) 结构分析 - covar、anaeig（PCA）、mdmat、sham（FEL）；(7) 索引与选择 - make_ndx、select、genion；(8) 工具 - xpm2ps、check、wham。强调优先使用 gmx <command> -h 查看本地帮助。
Install via CLI (Recommended)
clawhub install openclaw/skills/skills/charleshahn/gromacs-skillsGROMACS
重要：始终先查看本地帮助
GROMACS 版本差异可能导致参数不同。务必先运行
gmx <command> -h获取该命令最准确的参数信息。
GROMACS 是分子动力学模拟软件包，可模拟从几百到数百万粒子的系统。本技能提供 GROMACS 命令参考和工作流指南。
快速入门
检查版本
gmx --version
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获取帮助
优先级 1：本地帮助（最快、版本匹配）
gmx <command> -h
优先级 2：在线文档（详细、官方）
# 带版本号搜索
web_search: "site:manual.gromacs.org gmx <command> <version>"
# 示例: "site:manual.gromacs.org gmx rms 2024.3"
命令分类
| 分类 | 主要命令 | 说明 |
|---|---|---|
| 拓扑与结构 | pdb2gmx, editconf, solvate, insert-molecules, genrestr | 生成拓扑、定义盒子、添加溶剂 |
| 模拟设置 | grompp, mdrun | 生成运行文件、执行模拟 |
| 能量分析 | energy, eneconv, bar | 提取能量、自由能计算 |
| 轨迹分析 | rms, rmsf, gyrate, hbond, distance, angle, dihedral, cluster, mindist, sasa, principal, do_dssp | RMSD/RMSF、氢键、距离、二级结构等 |
| 结构分析 | covar, anaeig, mdmat, sham, order, rotacf, dielectric | PCA、距离矩阵、自由能景观 |
| 轨迹处理 | trjconv, trjcat, trjorder, dump | 格式转换、PBC 修正、轨迹拼接 |
| 索引与选择 | make_ndx, select, genion | 创建索引组、选择原子、添加离子 |
| 工具 | xpm2ps, x2top, check, wham, tune_pme | 格式转换、检查文件、WHAM 分析 |
完整命令说明请参阅 command-categories.md。
常用参数
输入输出
| 参数 | 说明 |
|---|---|
-f INPUT | 输入轨迹/结构文件 |
-s TOPOLOGY | 输入拓扑文件（.tpr） |
-n INDEX | 输入索引文件（.ndx） |
-o OUTPUT | 输出文件 |
-deffnm BASENAME | 默认文件名前缀 |
时间选择
| 参数 | 说明 |
|---|---|
-b TIME | 起始时间（ps） |
-e TIME | 结束时间（ps） |
-dt TIME | 时间步长（ps） |
轨迹处理
| 参数 | 说明 |
|---|---|
-pbc TYPE | PBC 处理（none, mol, atom, com, nojump） |
-center | 居中坐标 |
-fit TYPE | 拟合轨迹（none, rot+trans 等） |
性能参数
| 参数 | 说明 |
|---|---|
-nt NUMBER | 线程数 |
-ntomp NUMBER | OpenMP 线程数 |
-nb TYPE | 邻居搜索（cpu, gpu） |
完整参数说明请参阅 common-parameters.md。
如何使用 GROMACS 命令
核心原则：始终先查看本地帮助
# 查看命令帮助
gmx <command> -h
# 示例
gmx rms -h
gmx trjconv -h
gmx energy -h
本地帮助提供：
- 完整参数列表
- 默认值说明
- 输入/输出文件要求
- 使用示例
在线文档查询（本地帮助不够时）：
# 带版本号搜索官方文档
web_search: "site:manual.gromacs.org gmx <command> <version>"
# 示例: "site:manual.gromacs.org gmx rms 2024.3"
文件格式
输入格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
.pdb | Protein Data Bank 格式 |
.gro | GROMACS 坐标格式 |
.tpr | GROMACS 运行输入文件（拓扑+参数） |
.xtc | 压缩轨迹（有损，适合长模拟） |
.trr | 全精度轨迹 |
.ndx | 索引文件（原子组） |
.mdp | 分子动力学参数文件 |
.top | 拓扑文件 |
输出格式
| 格式 | 说明 |
|---|---|
.xvg | Grace/XVG 图表格式（时间序列数据） |
.xpm | 像素图格式（矩阵、热图） |
.edr | 能量文件（二进制） |
.log | 日志文件 |
.cpt | 检查点文件（用于续算） |
版本兼容性
不同 GROMACS 版本可能有参数差异：
.tpr文件不兼容不同主版本- 升级版本后需重新生成
.tpr文件 - 始终检查
.mdp参数是否有效 - 版本差异请查询官方文档：
site:manual.gromacs.org <version>
与 DuIvyTools 配合
GROMACS 输出文件可使用 DuIvyTools 可视化：
- .xvg 文件：RMSD、RMSF、能量、氢键等时间序列数据
- .xpm 文件：DCCM、FEL、DSSP 等矩阵数据
使用 duivytools-skills 技能进行可视化：
Metadata
Not sure this is the right skill?
Describe what you want to build — we'll match you to the best skill from 16,000+ options.
Find the right skillPaste this into your clawhub.json to enable this plugin.
{
"plugins": {
"official-charleshahn-gromacs-skills": {
"enabled": true,
"auto_update": true
}
}
}Related Skills
duivytools-skills
DuIvyTools (dit) 命令行工具使用指南。当 Agent 需要使用 DuIvyTools 但不清楚命令用法时调用。功能覆盖：(1) XVG 数据可视化 - RMSD、RMSF、能量、氢键、回转半径等；(2) XPM 矩阵可视化 - DCCM、FEL、DSSP 二级结构热图；(3) NDX 索引文件操作 - 查看、合并、提取原子组；(4) 统计分析 - 平均值、标准差、分布、相关性；(5) 拉马钱德兰图绘制；(6) 数据格式转换 - 导出为 CSV/DAT。支持 matplotlib、plotly、gnuplot、plotext 四种绘图引擎。
gromacs-protein-analysis
蛋白质分子动力学模拟分析的流程知识指南。当 Agent 需要执行某个分析但不清楚具体流程时调用。涵盖九种核心分析的完整工作流：(1) PBC 修正 - 消除周期性边界伪影，居中蛋白质/配体；(2) RMSD 分析 - 测量结构稳定性和模拟收敛性；(3) RMSF 分析 - 评估每个残基的灵活性；(4) 回转半径分析 - 评估蛋白质紧密性和折叠状态；(5) SASA 分析 - 研究溶剂可及性和表面性质；(6) DCCM 分析 - 动态互相关矩阵，研究原子间相关运动；(7) RDCM 分析 - 残基距离接触矩阵，分析残基间空间关系；(8) PCA 分析 - 主成分分析，识别集体运动和构象变化；(9) FEL 分析 - 自由能景观映射，使用 RMSD/Gyrate 或 PCA 作为反应坐标。包含分析间的依赖关系说明（如 FEL 依赖 PCA 或 RMSD/Gyrate 结果）。